为全面掌握各个频段的电磁环境状况，提高频谱使用效率，快速有效地查找境内外无线电干扰、进行国际协调，中心建有全国无线电监测网管理系统、全国无线电短波监测网、全国无线电卫星监测网、北京及周边地区超短波监测网。

全国无线电监测网管理系统由国家无线电监测中心、省(自治区、直辖市)及各市级无线电监测站组成。通过该系统可以对全国省级监测站下达监测任务，并进行监测数据的收集、分析和评估。

全国无线电短波监测网由9个国家级监测站组成。目前已建成北京、乌鲁木齐、哈尔滨、上海和成都等5个监测站，并实现联网运行。其中。北京监测站是ITU国际无线电监测网成员。

全国无线电卫星监测网由北京和深圳两个监测站组成，可对C、Ku频段同步轨道卫星进行监测。

北京及周边地区超短波监测网包括1个中心站，8个遥控站及监测、测向设备，能完成对超短波频段无线电信号的监测监听、干扰查找和站台管理。